Под Windows есть море коммерческих программ, напичканных множеством опций, бесплатные их варианты либо не делают того что надо, либо делают это криво. Нужно было всего лишь, чтоб несколько сайтов открывались через proxy, остальные в обычном режиме. Для Firefox и Chrome есть плагины, реализующие это, а как на счёт глобальных настроек ОС?
Пишем файл с расширением .pac, который и будет отвечать за это. Пример:

</p>
<pre class="bbcode_code" style="height: 121px;">function regExpMatch(url, pattern) {
    try { return new RegExp(pattern).test(url); } catch(ex) { return false; }
}
function FindProxyForURL(url, host) {
    if (shExpMatch(url, '*site.com/*')) return 'PROXY 000.000.000.000:1111';
    if (shExpMatch(url, '*site2.com/*')) return 'PROXY 000.000.000.000:1111';
    return 'DIRECT';
}</pre>
<p>

Всё, что в выражении function FindProxyForURL(url, host), между фигурными скобками - это и есть наши правила. Вместо site.com вписываем нужный нам сайт, вместо 000.000.000.000 пишем IP адрес нашего proxy, вместо 1111 пишем порт нашего proxy.
Синтаксис прост. *site.com/* Звёздочка в начале говорит о том, что любой поддомен домена site.com подпадает под это правило, звёздочка после слэша о том, что любая страница этот сайта подпадает под правило. Всё, что не соответствует правилам, пойдёт напрямую, минуя proxy. Правил таких может быть сколько угодно, адресов proxy тоже.
Для Windows 7 топаем в Пуск / Панель управления / Сеть и Интернет / Свойства обозревателя. Там открываем вкладку "подключения" и жмём "настройка сети". Ставим галку "использовать сценарий автоматической настройки" и вписываем адрес нашего файла.

У меня файл лежит в Dropbox для доступности с разных машин, у вас может быть где угодно. Например в корне диска С. Тогда в строку адреса пишем file://C:\proxy-switcher.pac
Для Linux (Ubuntu 11.04) идём в Система / Параметры / Сетевая прокси-служба и в поле адреса вписываем путь до файла. Например file:///home/user/proxy-switcher.pac

Таким образом любое приложение, не имеющее настроек прокси, или в настройках которого явно не указан его обход, будет соединяться с указанными адресами через указанный proxy. Например любой браузер, без каких либо плагинов и плясок с ними.